西元2080年7月16日，慕佐共和國最高軍事委員會委員長派屈克•多蒙斯及其副官乘托洛茨基改高速戰艦二號艦「約阿基姆號」自SIDE5首府「新布達佩斯」出航，在兩艘巡洋艦的護航下前往月面都市哥白尼視察慕佐軍月球方面軍。
同一時間，地球軍斯塔普基地第八通訊站截收到了慕佐軍的通訊。
「確認編碼方式為MC-09D，敵艦隊包含一艘高速戰艦及兩艘巡洋艦，已於宇宙時00:36離港，向近地軌道接近，目標是月面都市哥白尼」一名通訊兵迅速回報。
「通知月軌艦隊，準備從墨菲三號出擊，對敵艦隊進行攔截，」地球邦聯太空軍臨時總指揮高爾查克少將立即下達命令「讓第十六支隊出擊，我親自指揮，包夾他們！」
隨著命令下達，第十六支隊的旗艦李奇微號高速戰艦被裝上了質量投射器。隨著高爾查克少將在當地時間22:30登艦，質量投射器火力全開，在30分鐘內將六艘戰艦——包含兩艘高速戰艦和四艘護衛艦——送入了宇宙空間。
同一時間，在月球高軌道上的小行星基地「墨菲三號」中，奧羅法特號宇宙用機動戰士搭載艦帶著二十多架GMS-78[S]「特裝型和平鳳凰」緩緩出港。
在奧羅法特號出航後不久，慕佐月球方面軍第十七雷達站透過航跡推算出了墨菲三號的位置。
「核飛彈發射！第八MS大隊出擊！」在確認位置後，慕佐軍月球方面軍第三機動師司令潘恩少將向第六飛彈大隊和第八MS大隊下達了命令。
隨即，兩枚SGM-33「太陽神之矛」核飛彈從發射井中騰空而起，第八MS大隊也從母艦加洛普號上升空，66架最新的機動戰士MS-09「捍衛者」從甲板上升空，隨即和長程助推器「木屐」對接並向高軌道上的墨菲三號飛去。
此時，地球軍在墨菲三號內的兩艘MS母艦——納吉爾法號和斯基德普拉特尼號正在準備出港，它們是地球邦聯軍特設963部隊的旗艦，準備執行「銜尾蛇行動」。
在那吉爾法號的格納庫內，巨大的戰略決戰炮「尼德霍格」已經準備就緒，這門巨炮幾乎佔滿了整個格納庫，其威力據稱可以超越Solar System。
突然，基地內警報大作，兩艦在警報響起後隨即離港，其他護衛艦隻緊隨其後。然而，慕佐軍的核彈直接命中了基地，伴隨著核爆的閃光，地球軍月軌艦隊大部瞬間蒸發，僅剩下執行銜尾蛇行動的兩艘MS母艦。
在核爆之後，慕佐軍的機動戰士大隊由於電磁干擾而沒有發現兩艦，他們在確認墨菲三號全毀後就返回了母艦加落普號。
兩天後，慕佐軍第十三特殊行動艦隊接近哥白尼，哥白尼守軍正在準備歡迎儀式，在降落區兩旁停滿了MS-09SP「禮兵型捍衛者」，剩下的MS也都整齊的擺放在閱兵場上。
突然，一架捍衛者被命中並爆炸。隨後，地球軍奧羅法特號出現在哥白尼上空，隨即向閱兵場投下大量炸彈，整個基地的MS幾乎付之一炬。
在第一波攻擊後，奧羅法特號強行降落在哥白尼，艦上MS隊立刻出擊，很快佔領了基地的對空陽電子砲。
「瞄準敵旗艦！完成後開火！」艦長透過無線電下達了命令。
然而，慕佐軍的部隊並未遭到全殲，第603技術測試部隊母艦海姆達爾號躲藏在地下機庫中而未受損傷，其在攻擊後立即升空並放出搭載的66架MST-X001「穿浪者初期型」展開反擊。這些MS一進入戰場就先擊毀了陽電子砲炮台，隨後向奧羅法特號展開攻勢。
就在此時，地球軍第十六支隊出現在慕佐軍艦隊後方，旗艦李奇微號和巴頓號在鎖定目標後同時齊射，瞬間擊沉慕佐軍其中一艘伴隨艦「查爾哈頓號」。
慕佐軍立即準備放出MS反擊，然而，地球軍巡洋艦隊向約阿基姆號展開了猛攻，在MS隊出擊之前擊毀了其格納庫，隨後使用宇宙魚雷擊毀約阿基姆號的引擎，令其失去控制。
同一時間，兩艘高速戰艦再次齊射，擊沉了最後一艘伴隨艦。
幾分鐘後，約阿基姆號墜落在哥白尼附近，慕佐軍603技術試驗部隊立即前往救援，然而派屈克•多蒙斯上將受傷過重，在救援隊趕到前已經死亡。
在確認敵艦被毀後，地球軍艦隊點火脫離，哥白尼戰役就此結束。
三天後，在SIDE5附近，地球軍的納吉爾法號和斯基德普拉特尼號MS搭載艦靜靜的巡航，戰略決戰砲「尼德霍格」已經完成組裝，正由八架MS推出格納庫，準備對殖民衛星開火。
然而，慕佐軍602技術試驗部隊的一架LRMS-09Q「複座偵查型毒蛇改」發現了地球軍艦隊，駕駛員隨即通知了母艦「獨立號」。
隨即，慕佐軍駐留艦隊全員出擊，數十艘戰艦出港向地球軍飛去。
同一時間，斯基德普拉特尼號上，地球軍的新式MS部隊已經完成了核彈的掛載，隨著隊長一聲令下，數架RMS-79[N]「核彈搭載型勝利鳳凰」從斯基德普拉特尼號的格納庫中彈射而出向SIDE5飛去。
不久，雙方部隊開始接觸，貫徹一擊脫離戰術的十二架勝利鳳凰小隊從距離殖民衛星600km處發射出核彈後立即拋棄背包，取出LRF-09L光束步槍和慕佐軍MS進行接近戰。
同一時間，戰略決戰砲「尼德霍格」充能完畢，納吉爾法號艦長在確認參數正常後平靜的下達命令：「目標：新布達佩斯，開火！」
隨著命令下達，尼德霍格立即開始運作，巨量陽電子在I-Field的約束下於加速器中開始加速。
就在此時，慕佐軍三艘戰艦向艦隊開火，尼德霍格為躲避飛彈進行了機動，導致光束略為偏離目標。然而，還是有兩個殖民衛星遭到陽電子砲燒毀，數十萬人死亡。
隨後，尼德霍格拋棄砲管，MS隊從納吉爾法號中取出新砲管準備裝上。
此時，慕佐軍一艘戰艦發起了特攻，其高速撞擊了納吉爾法號前方的尼德霍格，直接把其撞成兩半，隨後，慕佐軍艦隊展開齊射，瞬間擊中了兩艘地球軍戰艦，戰艦很快發生殉爆。
然而，二十四枚核彈中還是有三枚穿過了防線，命中了三座殖民衛星。
此事過後，慕佐共和國決定推動「代達羅斯計劃」，該計劃目標是在月球背面的John Gleen要塞舊址建造全方位戰略軌道砲以作為第二輪打擊的武器。同時，603技術試驗部隊一部被調回本土，改以英格蘭號為母艦，開始在本土附近測試大範圍I-Field防禦系統。
不久，地球邦聯最後的加盟國——美利堅合眾國宣布投降，地球邦聯的控制區僅剩南美雨林地區的斯塔普基地，一場大戰即將在此爆發……
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